- 「文庫名」のリンクをクリックすると、各コレクションの詳細情報が表示されます。
- 詳細情報の作成には、各ページの「参考文献」に挙げた資料のほか、『日本の大学所蔵特殊文庫解題目録 : ドイツ語・日本語併記』（マティアス・コッホ. Iudicium, 2004）（ドイツ日本研究所Webサイトで公開）および大型コレクションディレクトリー（国立情報学研究所 学術研究データベース・リポジトリ）を参照しました。
| 文庫名 | 旧蔵者 | 内容 | |
|---|---|---|---|
| A | 阿川文庫 | 阿川重郎 | 中国哲学・文学書、朝鮮本 |
| 秋葉本 | 秋葉芳美 | 延宝～明治年間の芝居番付 | |
| 尼子本 | 尼子富士郎 | 医学雑誌（主として邦文誌） | |
| アメリカ合衆国地形図 | （大型コレクション） | アメリカ合衆国地形図 | |
| アラブ文化・アラブ学研究コレクション | （大型コレクション） | アラブ、イスラム関係文献 | |
| B | 万国博覧会資料コレクション | （大型コレクション） | 万国博覧会関係文献 |
| 米国国立公文書館所蔵ラテン・アメリカ関係文書1783-1959 | （大型コレクション） | 米国国務省の中南米関係文書 | |
| 米国連邦議会委員会報告書・文書集成 | （大型コレクション） | 米国連邦議会関連文書 | |
| C | カルプツォフ・コレクション | Benedict Carpzov （大型コレクション） |
17-18世紀にドイツで出版されたラテン語法律書 |
| 知十文庫 | 岡野知十 | 俳書 | |
| 竹冷文庫 | 角田竹冷 | 俳書 | |
| コンシリア : 助言文献集 | （大型コレクション） | 14-15世紀イタリア註解学派手書本 | |
| コントローラー : 英国財務長官資料 | （大型コレクション） | 英国政府刊行物 | |
| D | ダンテ・コレクション | （大型コレクション） | 1481年版「神曲」他ダンテの著作、翻訳書、研究書 |
| E | 英米文学学位論文集 | （大型コレクション） | 米国の英米文学関係博士論文 |
| 英国外務省機密外交資料 | （大型コレクション） | 英国外務省機密外交資料 | |
| 英国書史関係集書 | 英国政府 | 英国印刷史上の稀覯書 | |
| エリオット文庫 | Charles N. E. Eliot | 東洋の言語学、宗教、動物学関係 | |
| F | 藤井文庫 | 藤井耕一 | 第2次大戦期のドイツ関係文献 |
| G | 鶚軒文庫 | 土肥慶蔵 | 和漢医学書 |
| GHQ/SCAP文書 | （大型コレクション） | 連合国最高司令部関係行政文書 | |
| H | 萩野本 | 萩野由之 | 国史関係文献 |
| ヒルシュフェルト旧蔵本 | Otto Hirschfeld | 欧州古代史古典文学関係文献 | |
| 穂積文庫 | 穂積陳重 | 御成敗式目の版本・写本・注釈書 | |
| I | インドネシア関係文献 | （大型コレクション） | インドネシア関係文献 |
| 石本コレクション | 石本巳四雄 | 災害関係かわら版や錦絵、新聞付録 | |
| イタリア・ルネサンス文芸集成 | （大型コレクション） | イタリア・ルネサンス文芸関係書 | |
| K | 覚廬本（かくろぼん） | 市村さん次郎 | 中国哲学関係文献 |
| 亀井文庫 | 亀井茲明 | 西洋美術史関係文献 | |
| 霞亭文庫 | 渡辺霞亭 | 江戸時代小説類 | |
| 近代フランス教育学集成 | （大型コレクション） | 近代フランス教育・教育学関係書 | |
| 近代欧州政治思想史コレクション | （大型コレクション） | 近代欧州政治思想史関係文献 | |
| 近世英国文献 | （大型コレクション） | 近世英国文献 | |
| 木内文庫 | 木内重四郎 | Kuno Fischer収集のドイツ近世哲学書 | |
| 古代ギリシア・ローマの文化・歴史・芸術 : 研究報告集成 | （大型コレクション） | 古代ギリシア・ローマの文化・歴史・芸術関係研究報告 | |
| 国際法・国際関係学位論文集 | （大型コレクション） | 米国の国際法・国際関係関係博士論文 | |
| 国策研究会文書 | 美濃部洋次 （大型コレクション） |
戦時政治経済関係文献 | |
| 河本文庫 | 河本重次郎 | J. Hirschberg収集の眼科学関係文献 | |
| 救貧法・社会福祉コレクション | （大型コレクション） | イギリス救貧法及び社会福祉関係文献 | |
| L | リーベルマン（リーバアマン）文庫 | Felix Liebermann | 英法制史関係文献 |
| ルター・コレクション | （大型コレクション） | ルターの著作の初版本 | |
| M | マザリナード集成（マザラン関連文書） | Nicola Shalon Duple他 （大型コレクション） |
17世紀のフロンドの乱時の政治的パンフレット |
| 水戸徳川林制資料 | 徳川宗敬 | 林制資料他 | |
| モース文庫 | Edward Sylvester Morse | 日本関係、自然科学関係文献 | |
| N | 中野本 | 中野達慧 | 仏教書 |
| 南葵文庫 | 徳川頼倫 | 紀州徳川家蔵書（陽春廬本、坂田本、学海本を含む。） | |
| 日本林制史調査資料 | 農林省 | 林制沿革史料を採訪調査した史料 | |
| 西山五郎本 | 西山五郎 | 仏教関係書 | |
| O | 鴎外文庫 | 森鷗外 | 伝記、歴史、武鑑、江戸古地図、西欧文学書など |
| 岡百世文庫 | 岡百世 | 漢籍 | |
| 岡村文庫 | 岡村金太郎 | 往来物 | |
| R | ラーデル文庫 | Johannes Rahder | 印度哲学、梵文学、欧米哲学関係文献 |
| ライン文庫 | Johannes Justus Rein | 日本地理関係文献 | |
| ラウェル文書 | Milo E. Rowell | 日本国憲法制定に関する文書 | |
| S | 山宮本 | 山宮允 | 明治大正の新体詩書 |
| 三條公爵家本（三條文庫） | 三條實憲 | 国史、国文学関係文献 | |
| Sanskrit Manuscripts（サンスクリット写本） |
高楠順次郎 |
仏教関係写本 | |
| 成人教育学位論文集 | （大型コレクション） | 米国の成人教育関係博士論文 | |
| 青洲文庫 | 渡邊信 | 漢籍、国文学関係書 | |
| 洒竹文庫 | 大野洒竹 | 俳書 | |
| シュネル文庫 | Dr. Eugen Schnell | 文学、紀行、日本風俗、登山、医学関係洋書 | |
| 末延文庫 | 末延三次 | 法学関係文献他 | |
| T | 田中二郎文庫 | 田中二郎 | 法学関係文献（洋書） |
| 田中芳男文庫 | 田中芳男 | 本草・動植物学・農学・水産・林学関係資料 | |
| チベット大蔵経（ナルタン版・テンギュル） | 河口慧海 | チベット語大蔵経（ナルタン版）のうちのテンギュル（論書部） | |
| チベット大蔵経（ニンマ版） | （大型コレクション） | チベット語大蔵経（ニンマ版） | |
| チベット・コレクション | Derek Waller （大型コレクション） |
チベット関係資料 | |
| 東南アジア経済圏統計資料 | （大型コレクション） | 東南アジア統計資料 | |
| W | 渡部文庫 | 渡部信 | 和漢籍 |
| Z | 舌耕文芸関係資料 | （大型コレクション） | 実録体小説、人情本、読本 |
| 0-9 | 19世紀フランス政治史集成 | （大型コレクション） | 19世紀フランス政治・社会史関係文献 |
| 五十年史料 | 東京大学の歴史に関する公文書、記録等 |