明末の医師李時珍（１５１８－１５９３）はそれまでの本草書を集大成し、白井光太郎（１８６３－１９３２・東京帝国大学農科大学教授）によれば「本草学上空前絶後ノ大著ト称セラル」本書を著した。初版は１５９６年に刊行され、第二版は１６０３年に刊行された。出版地に因んで、この第二版を江西本という（展示資料には題簽に「江西」とあるが、附図の配置などから、江西本そのものではなく、江西本をベースにした石渠閣本系統のものと考えられる）。日本には早くも慶長１２年（１６０７）に渡来し、林羅山によって徳川家康に献本された。その後多くの和刻本が刊行され、日本の本草学は本書の影響を大きく受けながら独自の発展を遂げることとなった（２－２参照）。
『本草綱目』の影響下にあった江戸の本草学は、やがて小野蘭山の『本草綱目啓蒙』によって大成され、その後の日本の植物学、博物学、民俗学等の下地を作った（２－８参照）。一方、江戸時代の後期に至ると、本草学の伝統と交錯しつつも、蘭学者の中から西洋の植物学を紹介する著作が現れ始める。日本で初めて西洋の植物学を概説した本書は、経本のスタイルをとった異色の書である。初版は文政５年（１８２２）に刊行された。「菩多尼訶」は植物学を意味するラテン語botanicaに由来している。著者宇田川榕菴（１７９８－１８４６）は蘭学者であり、２５歳の若さで本書を刊行した。
『菩多尼訶経』から十余年を経て、宇田川榕菴は本書において西洋の植物学をより体系的に紹介した。明治初年にあってなお、植物学の入門書として実用に耐えるものだったという。本書の初版（菩薩楼蔵版）は天保６年（１８３５）発行であるが、展示資料は、標題紙の記述から天保８年刊の再版の後刷り本と考えられる。
リンネの分類体系により植物を記載・解説した日本で初めての書である。著者の伊藤圭介は名古屋の蘭医の家に生まれた。シーボルトと親交を結び、シーボルトからチュンベリー（１７７５年に来日したスウェーデンの植物学者）著『フロラ・ヤポニカ（日本植物誌）』を贈られた（原本が国立国会図書館の伊藤文庫に伝わっている）。この本を訳述し、和名を付したのが『泰西本草名疏』である。本書にはシーボルトから贈られたチュンベリーの肖像画が載せられている。なお、シーボルト事件に対する配慮から、本文中にシーボルトの名は伏せられ、代わりに稚膽（わかい）八郎の偽名を載せ、念入りにも「稚膽八郎ハ伊豆ノ産今死スト云」と注記がされている。事件が落ち着いた後の版ではこの注記はなくなり、「稚膽八郎」は「西醫椎氏」と改められている。
日本で初めての、リンネ分類に依った近代的植物図鑑。著者の飯沼慾斎（１７８２－１８６５）は、もともと蘭医だったが、５０歳にして引退し、大垣（岐阜県）近郊に別荘を建てて本書の作成に専念した。慾斎は各種洋書を参照しつつも、実証的態度で研究に従事し、時には名古屋の職人に特別に作らせたという顕微鏡を用いて植物の構造を観察した。「草部」の初版は１８５６年から１８６２年にかけて刊行されたが、刊行が終わったとき、慾斎は実に齢８１に達していた。その後「木部」の刊行を予定していたが、慾斎没後長く未刊のままとなり、ようやく１９７７年に刊行されている。展示資料は、初版に田中芳男と小野職愨（もとよし）が校訂を加えたもので、各図に記された学名、和名のローマ字綴りはその際に加えられたものである。
服部雪斎（１８０７－？）自筆の薬用植物画集である。服部雪斎は、江戸時代後期から明治２０年ごろにかけて、本草学、博物学に関する図譜の作成に携わり、明治に入ってからは、文部省博物局に出仕して博物画の作成に従事した。展示資料は、伊藤圭介の弟子で、明治の博物館行政に大きな役割を果たした田中芳男の依頼により作成されたもので、雪斎晩年の代表的な作品とされる。
坂本浩雪（１８００－１８５３）は医師・本草家であり、また写生画をよくした。ほかに、菌類５６種を収録して１８３５年に刊行した『菌譜』や、桜の写生画である『桜譜』（１８４２）等の作品が残されている。展示資料はともに浩雪自筆の写生図である。
岩崎灌園（１７８６－１８４２）が写生した２，０００種もの植物図に解説を添えた書で、わが国で最初の本格的な植物図鑑と言われている。植物の配列の順は、李時珍の『本草綱目』と同じになっており、『本草綱目』の図化と言えるものである。
『本草綱目』のうち日本の植物でないものは、ウェインマン（Johann W. Weinmann）の『花譜』（Phytanthoza iconographia）を模写している。ウェインマンが描かせた段階で、他の図版の転写であったり標本からであった図を、さらに自己流で省略化しているため、植物図としての正確さには欠ける部分がある。
『本草図譜』は文政１１年（１８２８）に完成した自筆本９６巻を、自費予約出版という形で刊行。文政１３年（１８３０）に巻５－１０を木版手彩で出版したが、その後は画工に模写させて配本を続けた。天保１３年（１８４２）に灌園が死去し、その後は息子信正と門人小山広孝が継続し、弘化元年（１８４４）に配本を終えた。
所蔵本は８０冊、蜂須賀家旧蔵から田中芳男の蔵書となったものが巻５－７０、６６冊ある。巻７１より巻数が巻３９－５０に改まっており、この１４冊は別の筆写と思われる。
染井の植木屋三代目伊藤伊兵衛（三之丞）が描いた図に四代目政武が注を加えた園芸書。園芸植物１２０品目をとりあげ、それぞれの植物の特徴をとらえた詳細な図に名前、花の形、色、開花時期等の説明が記述される。当初「後集」を刊行する予定で題名を「前集」としているが、刊行されていない。そのため後印本では題箋の書名に「前集」の文字は使われず「全集」となっている。福寿草が文献上に現れるのはこの資料が初出との研究がある。
江戸染井（現在の豊島区駒込付近）の種樹家伊藤伊兵衛親子（三代、四代）によって書かれた園芸書。園芸植物の種類や栽培方法を記述する。総合園芸書として以降の園芸界に影響を与えた。伊藤家は代々伊兵衛を名乗り、江戸一番の植木屋と言われた。
花壇に植える草花・樹木の種類や栽培法、観賞法について解説したもの。最初に出版されたのは、元禄７年（１６９４）。
『花壇地錦抄』を増補したもの。伊藤政武自身による図がつく。
斑入りや反り返った葉、枝垂れなど植物の奇品５０２品を集めた図録。取り上げられている奇品のうち、斑入りのものが最も多い。各奇品には名称と来歴、作出者の略歴を付す。図は、大岡雲峰、関根雲亭、石川碩峯らにより描かれる。撰者は、江戸青山の植木屋増田繁亭で、通称金太または金太郎という。同じく斑入り植物を集めた水野忠暁の『草木錦葉集』（文政１２年（１８２９）刊）とともに奇品図録として有名。
一関藩の藩医建部清庵（１７１２－１７８２）が奥羽地方を襲った宝暦の飢饉の惨状を目の当たりにし、飢饉への対策として宝暦５年（１７５５）に著した救荒書である。最初一関藩に献上され、藩では写本を作成し、村々に配ったと言われる。最初に著作が書かれてから１６年後の明和８年になって刊行されたが、日本人の手になる本格的救荒書として以降の救荒書に大きな影響を与えた。内容は、食用とする植物の選別・解毒・調理方法や飢餓で倒れた人の救助方法などが具体的に記述されている。著者の建部清庵は、杉田玄白との間で交わされた往復書簡が後に『和蘭医事問答』として刊行されたことで知られている。杉田玄白との交流を通じ、大槻玄沢、杉田伯玄（清庵の五男で後に杉田玄白の養子となった。）など門下から蘭学者を輩出した。
明和８年に『民間備荒録』と対になる書物として建部清庵によって草稿が書かれたが、果たせないまま世を去ったため清庵の死後、杉田玄白の次男杉田立卿により天保４年（１８３３）に刊行された。（明和８年刊行の『民間備荒録』の巻末には、「『備荒録草木図』一冊 未刻」と予告されている。）『民間備荒録』が理論的な書として書かれているのに対し、この書では実践の書として多くの人が読めるよう全体にわたって振り仮名がつけられている。内容は、１０４種の植物をとりあげ、実際の植物と見分けがつけられるよう詳細な図のもとに名称と可食部、調理方法を簡単に記述する。
本写本のもとになった書の成立時期は、曽占春の「寛政丙辰之夏五月」序から寛政８年（１７９６）５月と考えられる。『救荒本草』にでてくる植物の和名を解説したもの。曾涅（１７５８－１８３４）は医師・本草家。田村藍水の塾で本草学を学んだ。
『救荒本草』は、明の太祖朱元璋の第５子、周定王朱しゅく（「きへん」に「肅」）（１４２５没）撰で、１４０６年に刊行された。わが国では、松岡玄達が明の徐光啓が編集した『農政全書』の中にあるのを発見し、わが国でも役に立つものとして抜き出し、享保１年（１７１６）和刻した。その後様々な版が刊行され、わが国の救荒書に大きな影響を及ぼすこととなった。
書写した森約之は、森立之の長男として江戸の福山藩邸に生まれた。医号は養眞。学問を父森立之に学び、躋寿館の聴聞にも列席し、後に『本草経』を講義した。父森立之の手写事業を手伝い、森約之の手になる写本が残る。最後に福山に移り、福山藩の藩校である誠之館の講師となった。
『救荒野譜紀聞』と合綴。田村藍水の講義録を写したものか。書写した森立之は、文化４年（１８０７）江戸に生まれる。号は枳園。福山藩の藩医で考証学者、伊澤蘭軒に医学を学ぶ。後に幕府医学館講師となり、『医心方』の校刻事業にも参加したが、その他の逸書の復元にも功績をなした。
岩澄元（１７２１－１７９５）は、岩永玄浩の子で太田澄元といった。本草家で後に医学館・躋寿館で教えた。
・大場秀章『江戸の植物学』 東京大学出版会 １９９７
・白井光太郎「頭註國譯本草綱目序」（『新註校定国訳本草綱目』 春陽堂書店 １９７９）
・岡西為人『本草概説』 創元社 １９７７
・渡邊幸三「李時珍の本草綱目とその版本」（『東洋史研究』 １２(４) １９５３）
・大賀一郎「我が国に於ける最初の植物学書なる宇田川榕菴著『菩多尼訶経』に就て」（『植物及動物』 ４(５)、４(６)１９３６）
・矢部一郎「『菩多尼訶経』攷」 （『立正大学教養部紀要』 (11) １９７７）
・高橋輝和『シーボルトと宇田川榕菴：江戸蘭学交遊記』 平凡社 ２００２
・大場秀章「伊藤圭介」（『学問のアルケオロジー第１部』 東京大学出版会 １９９７） ・土井康弘「日本初の理学博士伊藤圭介（杏雨書屋第二十回研究会講演録「伊藤圭介来簡集」の知友・門人たち）」 （『杏雨』 (11) ２００８）
・吉川芳秋「五十才で発起し西説『草木図説』を出版した美濃大垣の医家飯沼慾斎翁（愛知県医資料）」 （『現代医学』２１(１) １９７３－０７）
・吉川芳秋「日本ではじめて洋説によつて植物を図説した大垣の飯沼慾斎－１・２－」（『採集と飼育』 １４(12) １９５２）
・児島薫「服部雪斎 博物図譜の名手」（『文明開化のはざまに』 ぺりかん社 ２００８）
・磯野直秀「日本博物学史覚え書 Ⅸ」（『慶応義塾大学日吉紀要．自然科学』 (２８) ２０００）
・磯野直秀「日本博物学史覚え書 Ⅹ」（『慶應義塾大学日吉紀要．自然科学』 (２９) ２００１）
・磯野直秀「日本博物学史覚え書 ⅩⅢ」（『慶應義塾大学日吉紀要．自然科学』 (３５) ２００４）
・北村四郎、塚本洋太郎、木島正夫『本草図譜総合解説』全４巻 同朋舎出版 １９８６－１９９１
・ウエインマン画、木村陽二郎解説 『美花図譜：ウエインマン「植物図集選」』 八坂書房 １９９１
・白井光太郎『白井光太郎著作集 第３巻 園芸植物と有用植物』 科学書院 １９８６
・塚本洋太郎「日本の本草書と園芸書」 （『日本史研究』 (４) １９９１）
・三之丞伊藤伊兵衛「花壇地錦抄・草花絵前集」 （『東洋文庫』 ２８８ 平凡社 １９７６）
・白幡洋三郎「本草学と植物園芸」 （『東アジアの本草と博物学の世界』下 思文閣出版 １９９５）
・塚本洋太郎「〈共同研究報告〉日本の本草書と園芸書」 （『日本研究』 (４) １９９１）
・水谷泰弘「江戸の園芸書から」（『名古屋大学言語文化研究叢書』第２号 ２００３）
・「民間備荒録（解読編）；備荒草木図（解読編）」 （『近世歴史資料集成』；第５期９巻 救荒；２ 科学書院 ２００８）
・白杉悦雄「民間備荒録の世界：救荒植物の発見」 （『東北学』vol.８，２００３）
・白杉悦雄「日本における救荒書の成立とその淵源：建部清庵『民間備荒録』を中心に」 （『東アジアの本草と博物学の世界』 上 思文閣出版 １９９５）
・白杉悦雄「救荒本草」考 （『中国思想史研究』 第１９号 １９９６）
・菊池勇夫「山野河海と救荒」（『弘前大学國史研究』 ９３ １９９２）
・菊池勇夫「近世中期における救荒システムの転換：仙台藩の宝暦飢饉を事例に」（『キリスト教文化研究所研究年報』３３ １９９９）
・佐々木隆美『名古屋叢書三編』１９巻 解説 名古屋市教育委員会 １９８２
・白井光太郎「森立之」（『白井光太郎著作集』第５巻 植物採集紀行・雑 科学書院 １９８８）
・川瀬一馬「森立之・約之父子」（『日本書誌学之研究』 大日本雄弁会講談社 １９４３）
・川瀬一馬「森立之の「枳園漫録」」（『日本書誌学之研究』 大日本雄弁会講談社 １９４３）
・川瀬一馬「御目見医師講義聴聞「躋寿館出席留」」（『日本書誌学之研究』大日本雄弁会講談社 １９４３）
・大塚恭男「森立之」（『近世漢方医学書集成』５３ 名著出版 １９８１）
・上野益三『日本博物学史』 平凡社 １９７３
・磯野直秀『日本博物誌年表』 平凡社 ２００２
・大場秀章編『日本植物研究の歴史：小石川植物園３００年の歩み』（東京大学コレクション４ 東京大学総合研究博物館１９９６）
・『東アジアの本草と博物学の世界』 上・下 思文閣出版 １９９５
・磯野直秀「資料別・草木名初見リスト」 （『慶応義塾大学日吉紀要』自然科学 No.４５ ２００９）
・白井光太郎『白井光太郎著作集 第１巻 本草学・本草史研究』 科学書院 １９８５
・高橋達明「小野蘭山本草講義本編年攷」（『東アジアの本草と博物学の世界』 下 思文閣出版 １９９５）
・北村四郎「〈共同研究報告〉中国植物に関する日本の研究」 （『日本研究』 ３号 １９９０）